Za upad populacij čebel je več vzrokov. Pesticidi za zaščito zrnja, kot so neonikotinoidi klotianidin, imidakloprid in tiametoksam, spadajo med najbolj znane osumljence. Kot nadomestek za medonosne vrste se vse bolj goji in za opraševanje uporablja druge čebelje vrste, kot so na primer samotarske čebele zidarice.
Izvirni opraševalci so med drugim čmrlji in čebele samotarke, ki pogosto preživijo v zavetju divjine, proč od škropljenih poljedelskih površin. Kljub temu lahko postanejo žrtev množičnega škropljenja proti komarjem, veščam, ali drugim žuželčjim nadlogam. Uporaba pesticidov je dalje razlog za zaskrbljenost, vendar je za opraševalce, med njimi za čebele, resen problem tudi izguba habitatov z bogato floro kot virom hrane. Zadnjih 70 let je severna polobla doživela intenzifikacijo kmetijstva, kar je zmanjšalo obilnost in raznolikost divjih rož.
Maja 2013 je Evropska unija sprejela direktivo, ki omejuje uporabo neonikotinoidov. Leta 2014 je Medvladni forum o podnebnih spremembah izdal poročilo, po katerem globalno segrevanje pomeni vse večjo nevarnost za preživetje čebel in drugih žuželk opraševalk. Vzrok so premiki njihovih življenjskih prostorov in spremembe v letnih časih. Podnebne spremembe so povzročile premikanje naravnih pašnih območij, ki jim čebele niso mogle slediti. Poleg tega so se čebele začele prebujati v času, ko rastline še niso začele cveteti.
